ตามตำนานกรีกนั้นเมทิส แม่ของเมดูซ่าและพี่น้องอีกสองสาว ทั้งเมดูซ่าและพี่สาวแต่เดิมนั้นเป็นสาวงามมาก ต่อมาเมทิสแม่ของนางถูกเทพเทพปริณายกซูสข่มขืนแล้วกลืนลงท้องไป เมทิสเป็นเจ้าแห่งปัญญา และสามารถแปลงร่างต่างๆ ได้ ซูสจึงอาศัยพลังปัญญาและเวทย์มนต์ของเมทิสมาเพิ่มอำนาจให้ตัวเอง ช่วยให้ซูสมีอำนาจยิ่งใหญ่กว่าเทพทั้งปวง และยังสามารถแปลงร่างได้ดังใจนึก ไปเอาสตรีมากมายเป็นภรรยาได้ในภายหลัง พลังของเมทิสสำลักออกทางหน้าผากของซูส กลายเป็นเทพธิดาอาเธน่า ผู้ได้รับมรดกทางปัญญาจากเมทิสผู้เป็นแม่
ตั้งแต่เกิดมาอาเธน่าก็ถือเมดูซ่าเป็นศัตรูคู่แค้นที่จักต้องพิฆาตให้ดับสิ้น เพราะในบรรดาพี่น้อง มีแต่เมดูซ่าผู้เดียวที่เป็นมนุษย์ พี่สาวชาวกอร์กอนทั้งสองร่วมท้องแม่ของเธอมีสถานะเป็นเทพจึงฆ่าไม่ตาย อาเธน่าจึงหันมาหาทางทำลายเมดูซ่าแต่ผู้เดียว ในบรรดาลูกแม่เดียวกันทั้งหมด
วันหนึ่งในวิหารอาเธน่าที่ชาวกรีกสร้างไว้บูชาสักการะแต่ละเทพเป็นวิหารๆ ไป เทพีอาเธน่า เป็นเทพอุปถัมภ์ของสาวพรหมจารีที่สตรีพรหมจรรย์ชาวมนุษย์มักไปบูชา สาวงามเมดูซ่าที่มีชายมากหลายหมายปองก็ไปบูชาเทพีอาเธน่ายังวิหารตามปกติ เทพโปเซดอนได้ประจักษ์เห็นความงามของนางแล้วก็ต้องการครอบครองโดยใช้กำลังขืนใจ อาเธน่าจึงได้โอกาสใส่ความว่า เมดูซ่าบังอาจลบหลู่นางด้วยการสู่สมในวิหารอันศักดิ์สิทธิ์ แล้วฉวยโอกาสสาบเมดูซ่าให้กลายเป็นมารร้ายน่าเกลียดน่ากลัว และสาปให้ผมอันสวยงามลือชื่อของนางกลายเป็นงูเต็มหัว จากสาวงามเลื่องชื่อ ต้องมากลายเป็นมารร้ายที่น่าชิงชัง ขยะแขยงจนใครที่ได้เห็นจะต้องกลายเป็นหินไป
เมดูซ่าทั้งชอกช้ำ ทั้งอับอาย ก็แปรความเจ็บช้ำที่ได้รับให้กลายเป็นความเคียดแค้นชิงชัง ต้องการทำร้ายหมายมาดทุกชีวิตที่ขวางหน้าโดยทำให้กลายเป็นหินไปจากการมองหน้าของนาง เป็นการตอบโต้ความอยุติธรรมที่ทำให้นางต้องรับชะตากรรมอันโหดร้ายเมดูซ่าจึงกลายเป็นมารร้าย ผู้เป็นที่กล่าวขวัญถึงมากที่สุดในตำนานกรีก มีทั้งภาพสลัก รูปปั้นต่างๆ ของเมดูซ่าตามวิหารต่างๆ มากมาย
เมดูซ่า เพื่อตัดหัวมาตามสัญญาที่ให้ไว้กับเทพอาเธน่า ซึ่งรอคอยหาคนมากำจัดเมดูซ่าให้อยู่นานแล้ว เพราะความเป็นเทพของนางทำให้ไม่สามารถไปแสดงอำนาจพาลได้ถนัด ยังต้องอาศัยเหตุผลข้ออ้าง และน้ำมือคนอื่นไปกำจัดศัตรูให้ กี่คนมาแล้วที่ต้องการไต่เต้าสร้างวีรกรรมที่ได้กลายเป็นหินไปหมด
ทันทีที่เปอร์ซีอุสมาเข้าทางตน เทวีอาเธน่าก็กุลีกุจอปรากฏตัวขึ้นทันทีเพื่อช่วยให้ทุกอย่างดำเนินไปตามแผนกำจัดเมดูซ่าของนางโดยราบรื่น เจ้าแม่จึงช่วยบอกทางให้เปอร์ซีอุสไปยังซามอส อันเป็นที่พำนักของนางกอร์กอนสามพี่น้อง เทพีอาเธน่าก็ได้ประทานโล่ที่เป็นเงามันวับเหมือนกระจก แล้วช่วยให้ภาพปรากฏของนางมารทั้งสาม เพื่อเปอร์ซีอุสจะได้เห็นว่าหน้าตาเป็นอย่างไร และเตือนไม่ให้มองหน้าเมดูซ่าตรงๆ เพราะจะทำให้กลายเป็นหินไปเสียก่อน
จากนั้นเทวีอาเธน่าก็ให้อนุชาคือเทพเฮอร์มีส (ที่ชาวโรมันเรียกว่าเมอร์คิวรี่นั่นเอง) ซึ่งก็เป็นเทพบุตรของ ซูสอีกผู้หนึ่ง ไปนำดาบโค้งของโครนัสมาให้เปอร์ซีอุสเพื่อใช้ฆ่าเมดูซ่า เพื่อให้เป็นหลักประกันว่าเปอร์ซีอุสจะปฏิบัติการได้สำเร็จ ก็ต้องอาศัยของวิเศษอื่นๆ อีก เจ้าแม่จึงช่วยบอกอุบายรายละเอียด และชี้ทางให้เปอร์ซีอุสไปหานางแม่มดสามพี่น้องแห่งเกรยี ผู้เป็นแม่เฒ่ามาตั้งแต่เกิด นางทั้งสามมีตาเพียงดวงเดียว และมีฟันเพียงซี่เดียว ต้องแบ่งกันใช้ แต่ก็ทะเลาะเบาะแว้งแย่งตาแย่งฟันกันมาชั่วชีวิต เปอร์ซีอุสจึงอาศัยความชุลมุนจากการแก่งแย่งนั้น เข้าไปขโมยดวงตาและฟันพวกแม่มดเกรยีมา
เพื่อบังคับให้นางทั้งสามบอกทางไปหานางนิ้มฟ์ผู้ใจดีแห่งอุตรทิศ แล้วจึงจะคืนตาและฟันให้
เพื่อบังคับให้นางทั้งสามบอกทางไปหานางนิ้มฟ์ผู้ใจดีแห่งอุตรทิศ แล้วจึงจะคืนตาและฟันให้
เมื่อเปอร์ซีอุสรู้ทางแล้วก็ไปหานางนิมฟ์ผู้ใจดี ผู้ให้ยืมรองเท้ามีปีกที่ทำให้เหาะได้ หมวกวิเศษที่ทำให้ล่องหนได้ และกระเป๋าวิเศษเพื่อไว้ใส่หัวเมดูซ่า เมื่อได้ของวิเศษต่างๆ แล้ว เพอร์ซีอุส ก็เข้าไปยังถ้ำของนางมารกอร์กอนสามพี่น้อง เมื่อไปถึงก็พบว่าเมดูซ่ากำลังนอนหลับกับพี่สาวทั้งสอง เปอร์ซีอุสก็ได้
เทวีอาเธน่าที่ตามมาช่วยอยู่ตลอดเวลา ช่วยถือโล่ให้จากภาพเงาของเมดูซ่าในโล่มันวับ เปอร์ซีอุสก็ตัดหัวเมดูซ่าขาดแล้วเก็บใส่ถุงวิเศษทันที
เลือดไหลนองออกจากคอของ
เมดูซ่า ก่อกำเนิดเกิดออกมาเป็นม้ามีปีก เปกาซัส แล้วเมดูซ่าก็จบสิ้นความระทมทุกข์ทรมานจากชีวิตอันโหดร้ายของเธอ ส่งผลให้เพอร์ซีอุสกลายเป็นวีรบุรุษอมตะผู้ปราบมารของชาวกรีกไป
เทวีอาเธน่าที่ตามมาช่วยอยู่ตลอดเวลา ช่วยถือโล่ให้จากภาพเงาของเมดูซ่าในโล่มันวับ เปอร์ซีอุสก็ตัดหัวเมดูซ่าขาดแล้วเก็บใส่ถุงวิเศษทันที
เลือดไหลนองออกจากคอของ
เมดูซ่า ก่อกำเนิดเกิดออกมาเป็นม้ามีปีก เปกาซัส แล้วเมดูซ่าก็จบสิ้นความระทมทุกข์ทรมานจากชีวิตอันโหดร้ายของเธอ ส่งผลให้เพอร์ซีอุสกลายเป็นวีรบุรุษอมตะผู้ปราบมารของชาวกรีกไป